Цитата: Поскольку компенсация при увольнении облагается страховыми взносами, то, получается, что их нужно было заплатить еще во втором квартале и отчитаться за них.
Это на основании чего? Компенсация во втором квартале не была начислена. Какие взносы с неё Вы предлагаете платить за второй квартал?
Цитата: Подается уточненный расчет и все.
Зачем? Согласно положениям ст.17 212-ФЗ, уточненный расчет за прошлые периоды подаётся когда исправляются ошибки сделанные
при начислении страховых взносов , совершенные в этих периодах. Ни какой ошибки в начислении взносов за второй квартал не было... Какой уточнённый расчёт Вы предлагаете подавать?
Цитата: Т.е. мне следует исправить период начисления на июнь? Тогда придется уточнять отчетность в фонды и будут начислены пени, и по взносам, и по ндфл.
Ни чего Вам не следует исправлять. Страховыми взносами и НДФЛ компенсация облагается по месяцу НАЧИСЛЕНИЯ. Сумма компенсации и начисленные на неё взносы должны попасть в отчёты за третий квартал. Ко второму кварталу они вообще ни какого отношения не имеют.
В справку 2-НДФЛ сумма компенсации должна попасть как доход за июль. А отчитываться Вы будете вообще по окончании налогового периода (года).